科研服務(wù) 時間：2020-07-17 17:26:00 瀏覽：4936次
擴增子測序
擴增子測序是對特定長度的PCR產(chǎn)物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。
16S/18S/ITS等擴增子測序即通過提取環(huán)境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的目的區(qū)域，通過檢測目的區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。
16S/18S
rDNA為編碼原/真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列。ITS分為兩個區(qū)域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于5.8S和28S之間。
擴增子測序的優(yōu)勢：
采用目前Illumina
HiSeq最長測序平臺，可以滿足16S 1~2個高變區(qū)的測序分析。3天內(nèi)同時完成3,000個16S樣本的測序，測序準(zhǔn)確度較MiSeq平臺提高10%，而拼接效率較MiSeq平臺提高25%，以此獲得更全面的菌群信息。
擴增子測序操作步驟：
1、研究對象的選??；
2、提取基因組DNA，DNA濃度需要達到5ng/ul,總量需要大于等于150ng;
3、構(gòu)建PCR-free文庫；
4、PE250測序;
5、信息分析
分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級分析，基于目的區(qū)域的測序，檢測序列豐度，以充分研究環(huán)境微生物多樣性和群落差異性。
服務(wù)周期：
45天左右
宏基因組測序
宏基因組學(xué)（Metagenomics），又稱元基因組學(xué)，是由
Handelman
提出的一種直接對微生物群體中包含的全部基因組信息進行研究的手段，以特定生境中的整個微生物群落為研究對象，采用高通量測序技術(shù)，獲得環(huán)境微生物基因組信息總和，以研究環(huán)境微生物的群落結(jié)構(gòu)、物種分類、系統(tǒng)進化、基因功能以及代謝通路等。之后
Kevin 等對 Metagenomics
進行了定義，即“繞過對微生物個體進行分離培養(yǎng)，應(yīng)用基因組學(xué)技術(shù)對自然環(huán)境中的微生物群落進行研究”的學(xué)科。它規(guī)避了對樣品中的微生物進行分離培養(yǎng)，提供了對無法分離培養(yǎng)的微生物進行研究的途徑，避免了實驗過程中由環(huán)境改變引起的微生物序列變化所帶來的偏差。
近年來，隨著測序技術(shù)和信息技術(shù)的快速發(fā)展，利用新一代測序技術(shù)（Next
Generation Sequencing）研究
Metagenomics，能快速準(zhǔn)確的獲得大量生物數(shù)據(jù)和豐富的微生物研究信息，從而成為研究微生物多樣性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物與人類疾病健康關(guān)系的人體微生物組計劃，研究全球微生物組成和分布的全球微生物組計劃都主要利用高通量測序技術(shù)進行研究。
產(chǎn)品特色
1.微生物無需分離培養(yǎng)，且通過該技術(shù)可以客觀還原微生物菌群結(jié)構(gòu)
宏基因組測序技術(shù)，無PCR擴增環(huán)節(jié)，可以避免非特異性擴增問題，并且可以完整呈現(xiàn)微生物菌群的結(jié)構(gòu)。
2.在客觀還原菌群結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，同時可以對群落微生物的功能進行研究
基于16S核糖體的微生物多樣性研究方法，可以基于物種豐度進行功能豐度的預(yù)測，但是不能更進一步探究微生物的具體功能。而傳統(tǒng)的微生物基因組方法，也需要構(gòu)建大量的克隆篩選文庫，才能獲得微生物的功能基因。
宏基因組測序可以直接基于環(huán)境中的所有微生物的基因序列，進行微生物的基因相關(guān)功能研究。
操作流程：
樣本要求
常見環(huán)境樣本（請使用干冰運輸）
土壤、淤泥、沉積物>=5g；糞便>=2g；組織樣本>=1g
水體送樣為過濾后的濾膜（最適濾膜直徑3-4cm）
DNA樣本（請使用干冰寄送）
樣品濃度>=50ng/ul
樣品總量>=1.6ug
威斯騰實驗服務(wù)流程
威斯騰生物服務(wù)項目
| 分子生物學(xué)檢測 | 蛋白質(zhì)與免疫學(xué) | 動物實驗 |
| 實時熒光定量PCR | 單克隆抗體制備 | 帕金森疾病模型 |
| 免疫共沉淀（Co-IP） | 多克隆抗體制備 | 抑郁癥動物模型 |
| ELISA（酶聯(lián)免疫吸附法）技術(shù) | Western-blot 實驗服務(wù) | 脊髓損傷模型 |
| 生化指標(biāo)檢測 | 蛋白雙向電泳實驗服務(wù) | 腦外損傷模型 |
| 雙熒光素酶報告基因檢測 | 原核蛋白表達純化 | 骨神經(jīng)損傷模型 |
| 染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP） | 真核蛋白表達純化 | 心肌缺血模型 |
| GST pull Down | ITRAQ定量蛋白質(zhì)組學(xué) | 心力衰竭模型 |
| SLAC蛋白組學(xué) | 肺動脈高血壓動物模型 | |
| 高血壓模型 | ||
| 病毒包裝 | 實驗課題整體外包 | 粥樣動脈硬化模型 |
| 過表達/干擾慢病毒包裝純化 | 整體課題外包 | 大腦中動脈阻塞模型 |
| 過表達/干擾腺病毒包裝純化 | 細胞整體實驗外包 | 慢性之氣管炎模型 |
| 逆轉(zhuǎn)錄病毒包裝純化 | 動物整體實驗外包 | 過敏性哮喘模型 |
| 腺相關(guān)病毒包裝純化 | 肺炎大鼠模型 | |
| 肝炎-肝硬化-肝癌模型 | ||
| 蛋白芯片 | 原代細胞培養(yǎng) | 肝纖維化模型 |
| 細胞因子芯片 | 骨髓間充質(zhì)干細胞培養(yǎng) | 膽結(jié)石模型 |
| BioPlex懸浮芯片 | 脂肪干細胞培養(yǎng) | 急性胰腺炎模型 |
| 生長因子芯片 | 心肌成纖維細胞培養(yǎng) | 急性腎衰竭模型 |
| 炎癥因子芯片 | 軟骨細胞培養(yǎng) | 體內(nèi)血栓模型 |
| 血管生成因子芯片 | 血管內(nèi)皮細胞培養(yǎng) | 關(guān)節(jié)炎模型 |
| 凋亡因子芯片 | 神經(jīng)元細胞培養(yǎng) | I型和II型糖尿病模型 |
| 趨化因子芯片 | 內(nèi)皮組細胞原代培養(yǎng) | 裸鼠成瘤 |
| HuProt TM 20K人類蛋白組芯片 | 基因編輯動物 | |
| 電生理相關(guān)服務(wù) | 動物整體實驗服務(wù) | |
| 膜片鉗實驗 | ||
| 細胞生物學(xué)檢測 | 高通量測序 | 代謝組學(xué) |
| 細胞原代培養(yǎng) | mRNA測序 | 氣相色譜GC/MS |
| MTT檢測 | LncRNA測序 | 液相色譜LC/MS |
| 細胞凋亡檢測 | 全基因組測序 | 核磁共震NMR |
| 細胞周期檢測 | RNA-Seq測序 | |
| 細胞克隆形成實驗 | 外顯子測序 | 影像學(xué)相關(guān)實驗 |
| Transwell細胞遷移/侵襲 | 16s擴增子測序 | Micro-CT |
| 流式分選 | Small RNA測序 | 小動物活體成像 |
| CCK8/XTT檢測 | 宏基因組測序 | 核磁共振 |
| 臺盼藍檢測細胞活性 | 單細胞測序 | PET-CT |
| 藥物篩選細胞學(xué)實驗 | circleRNA測序 | |
| 細胞粘附性檢測 | 甲基化測序 | 基因編輯動物 |
| 細胞劃痕實驗 | 條件性敲除小鼠/大鼠 | |
| 細胞生物學(xué)整體實驗 | 全基因敲除小鼠/大鼠 | |
| 細胞成管實驗 | ||
| 病理檢測 | CRISPR/Cas9細胞敲除/敲入 | 基因芯片 |
| 掃描電鏡 | 基因定點突變細胞系 | LncRNA芯片 |
| 透射電鏡 | 單基因敲除細胞系 | miRNA芯片 |
| HE染色 | 多基因敲除細胞系 | mRNA芯片 |
| 免疫組化 | 目的基因敲入細胞系 | 甲基化芯片（限人和小鼠來源樣本） |
| Tunel（原位末端凋亡法）檢測 | 報告基因敲入細胞系 | SNP芯片（限人和小鼠來源樣本） |
| 激光共聚焦 | miRNA/LncRNA敲除細胞系 | |
| 免疫熒光 | ||
| Masson染色 | CRISPR/Cas9動物敲除/敲入 |
|
| 原位雜交 | 基因敲除大鼠/小鼠 | |
| 熒光原位雜交 | 基因敲入大鼠/小鼠 |
|
| 特殊染色（PSA、茜素紅、阿爾新藍等） |
|
|
| 行為學(xué)檢測 | 藥物篩選服務(wù)項目 | 藥效學(xué)評價 |
| 曠場實驗 | 高通量自動藥物篩選平臺 | 抗腫瘤藥物藥效學(xué)評價 |
| 重復(fù)性刻板行為檢測 | 細胞高內(nèi)涵藥物篩選平臺 | 心血管系統(tǒng)藥物藥效學(xué)評價 |
| 動物跑臺檢測 | 蛋白質(zhì)組學(xué)靶標(biāo)研發(fā)平臺 | 泌尿系統(tǒng)藥物藥效學(xué)評價 |
| 強迫游泳 | 分子藥理研究平臺 | 內(nèi)分泌系統(tǒng)藥物藥效學(xué)評價 |
| 生物膜片鉗藥物篩選平臺 | 抗炎免疫藥物藥效學(xué)評價 | |
| 常規(guī)藥物體外篩選 |
【本平臺合作項目】
分子生物學(xué)、細胞生物學(xué)、基因敲出/入、模式動物、SPF動物保種、病理學(xué)檢測、免疫學(xué)檢測、影像學(xué)檢測、原代培養(yǎng)、細胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測序、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)、高通量高內(nèi)涵篩選、藥效學(xué)評價、藥理毒理學(xué)實驗、慢病毒包裝與穩(wěn)轉(zhuǎn)株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學(xué)分析、知識產(chǎn)權(quán)服務(wù)！
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